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Text File  |  1995-03-04  |  2.9 KB  |  63 lines
  1. ******************************************************
  2. * S-100/ICaBP type calcium binding protein signature *
  3. ******************************************************
  4.  
  5. S-100 are small acidic calcium and zinc-binding  proteins  [1] abundant in the
  6. brain.  They have two different types of calcium-binding sites: a low affinity
  7. one  with a special structure  and a 'normal' EF-hand type high affinity site.
  8. The vitamin-D  dependent  intestinal  calcium-binding  proteins (ICaBP)   also
  9. belong to  this family  of proteins.  In the  past years the sequences of many
  10. new members  of  this  family have been determined (for reviews see [2,3]); in
  11. most cases the function of these proteins is not yet known.
  12.  
  13.  - Calcyclin (Prolactin receptor associated protein (PRA); 2a9; 5B10).
  14.  - Calpactin I light chain (p10; p11; 42c).
  15.  - Calgranulin A (cystic fibrosis antigen (CFAg);  MIF related protein 8 (MRP-
  16.    8); p8).
  17.  - Calgranulin B (MIF related protein 14 (MRP-14); p14).
  18.  - Calgranulin C.
  19.  - Calgizzarin (S-100C).
  20.  - Chemotactic cytokine CP-10 [4].
  21.  - Placental  calcium-binding  protein  (CAPL)  (18a2;  peL98; 42a; p9K; MTS1;
  22.    metastatin).
  23.  - Protein S-100D [5].
  24.  - Protein S-100E [5].
  25.  - Protein S-100L (CAN19).
  26.  - Placental protein S-100P.
  27.  - Protein MRP-126 [6].
  28.  
  29. A number of these proteins are known to bind calcium while others are not (p10
  30. for example).  Our EF-hand detecting  pattern  (see the relevant section) will
  31. fail to pick those  proteins which have lost their calcium-binding properties.
  32. We developed a pattern which unambiguously picks up proteins belonging to this
  33. family.  This pattern  spans  the region of the EF-hand high affinity site but
  34. makes no assumptions on the calcium-binding properties of this site.
  35.  
  36. -Consensus pattern: [LIVMFYW](2)-x(2)-L-D-x(3)-[DN]-x(3)-[DNSG]-[FY]-x-[ES]-
  37.                     [FYVC]-x(2)-[LIVMFS]-[LIVMF]
  38. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL,  except
  39.  for Xenopus calpactin I light chain.
  40. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: rat   calcineurin-like  protein,  a
  41.  classical EF-hand protein.
  42.  
  43. -Expert(s) to contact by email: Cox J.A.
  44.                                 cox@sc2a.unige.ch
  45.                                 Kretsinger R.H.
  46.                                 rhk5i@virginia.bitnet
  47.  
  48. -Last update: June 1994 / Pattern and text revised.
  49.  
  50. [ 1] Baudier J.
  51.      (In) Calcium and Calcium Binding proteins, Gerday C., Bollis L.,
  52.      Giller R., Eds., pp102-113, Springer Verlag, Berlin, (1988).
  53. [ 2] Moncrief N.D., Kretsinger R.H., Goodman M.
  54.      J. Mol. Evol. 30:522-562(1990).
  55. [ 3] Kligman D., Hilt D.C.
  56.      Trends Biochem. Sci. 13:437-443(1988).
  57. [ 4] Lackmann M., Cornish C.J., Simpson R.J., Moritz R.L., Geczy C.L.
  58.      J. Biol. Chem. 267:7499-7504(1992).
  59. [ 5] Engelkamp D., Schaefer B.W., Mattei M.G., Erne P., Heizmann C.W.
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  61. [ 6] Nakano T., Graf T.
  62.      Oncogene 7:527-534(1992).
  63.